Зовсім мало збереглося відомостей про той період життя Богуна, який передував 1648 р. - початку великої битви українського народу за своє соціальне і національне визволення.

На початку визвольної війни гетьман призначив Івана Богуна полковником Вінницького полку, який повинен був обороняти західні кордони визволеної території України. Полк Богуна мав прийняти на себе один з перших ударів ворога, який наступав, і затримати, таким чином, просування польсько-шляхетських військ по Україні. Це завдання козаки Вінницького полку під проводом Івана Богуна блискуче виконали, незважаючи на те, що ворожі сили набагато переважали їх своєю кількістю.

28 лютого польсько-шляхетське військо, кероване Калиновським, підійшло до Вінниці, яка навесні 1651. р. була на кордоні з польськими військами. Тут були незначні, порівняно з польсько-шляхетським військом, козацькі сили. Богун вирішив затримати польське військо до приходу допомоги від Богдана Хмельницького. У цей же день відбувся перший бій під Вінницею. Залишивши частину козаків свого полку в місті, Богун з кінним загоном виступив проти ворожих сил - кінних авангардних _частин на чолі з Лянцкоронським. При зближенні з козаками польські кіннотники, що розташувались півмісяцем, намагались оточити козаків. Козаки, прорвавши ліве крило, почали поспішно відходити, щоб перейти Буг по кризі і вийти до монастиря, що був на протилежному березі. Польські кіннотники кинулись їм напереріз і вийшли на кригу. Але тут їх чекала загибель. Відступ Богуна був маневром, військовою хитрістю. Він заманив їх на ту частину річки, де козаки навмисно прорубали лід і притрусили його снігом і сіном. Налетівши на ці проруби, значна частина польської кінноти пішла під кригу. Розлючений Калиновський, підійшовши з основною частиною війська до Вінниці, обложив місто і замок. Облога тривала до 11 березня. Козаки і мешканці стійко трималися, мужньо відбиваючи атаки. Богун був у перших рядах захисників замку.

На третій день облоги Богун, виїхавши особисто на розвідку на чолі загону з 300 козаків, вступив у бій з польськими охоронними загонами. Польські жовніри і шляхта, пізнавши Богуна, кинулись на нього. Один ударив Богуна древком прапора по голові, інші схопили його за руки й ноги. Відзначаючись надзвичайною фізичною силою, Богун одним рухом скинув повислих на ньому ворогів, вирвався і, відбиваючись шаблею, погнав коня через річку. Кінь Богуна потрапив в oполонку, але швидко вискочив з води і щасливо доніс вершника до монастиря. Наступного дня Богун знову бився з ворогом.

Два тижні Вінницький полк героїчно відбивав атаки противника. Коли ж до Вінниці підійшли надіслані на допомогу Богуну полки уманського полковника Йосипа Глуха і полтавського - Мартина Пушкаря, польське військо в паніці відступило до Кам'-янця-Подільського. Цю фортецю Богун штурмував зі своїм полком у складі корпусу Д.Лисовця в кінці квітня 1651 р. Під час облоги і штурму цього оплоту панування шляхетської Польщі на Поділлі Іван Богун показав високі зразки відваги і військової майстерності. А в червні 1651 р. він врятував українську армію від знищення у найтрагічніший момент визвольної війни-під час битви під Берестечком.

Тут відбувся один з найбільших боїв визвольної війни. Проти українського війська, очолюваного Богданом Хмельницьким, шляхетська Польща виставила майже всі свої збройні сили (150 тисяч чоловік, включаючи й озброєних слуг). На чолі їх стояв король Ян Казимир.

Бої перших двох днів закінчилися успішно для козаків.

19(29) червня в результаті двогодинного запеклого бою багато шляхти полягло під ударами козаків.В день вирішальної битви (20 червня) польські війська після невдалих спроб збити козаків, які стійко трималися і успішно відбивали атаки, направили всю силу вогню своєї артилерії на лівий фланг армії Богдана Хмельницького, де стояли татари. Татари зрадили і залишили поле бою. Як зауважує один з сучасників, "хан втік ганебно". Богдан Хмельницький передав командування кропивенському полковнику ФілонуДжалалію, а сам кинувся слідом за татарами, щоб змусити їх повернутися. Хан не тільки не повернувся зі своїм військом на поле бою, а звелів затримати Хмельницького; він випустив Хмельницького тільки тоді, коли одержав великий викуп з Чигирина. Але повернутися до свого війська Хмельницький не міг: воно було оточене польською армією. Татари пішли в Крим. По дорозі в Крим вони грабували Україну, брали в полон українське населення. Народ із зброєю в руках боровся проти грабіжників.

Після втечі хана польські війська зайняли місце, де стояли татарські орди, і таким чином відрізали шлях козакам для виходу з-під Берестечка.Козаки в порядку відступили до свого табору і там окопалися. Ворожа армія з трьох боків обступила козацький табір, з четвертого боку були непрохідні болота. Десять днів мужньо оборонялося обложене українське військ о.26 червня поляки почали з артилерії обстрілювати козацький табір. Козацька артилерія відповідала. Обидві сторони несли великі втрати. Почалися переговори. Польсько-шляхетське командування вимагаловід козаків видачі полковників, прапорів і гармат. Богун, якого козаки обрали наказним гетьманом, вирішив не здаватися. Він поширив упольському таборі чутку, ніби хан з Хмельницьким повернулися і вночі нападуть на поляків. Щоб ворог упевнився в правдивості цієї чутки, Богун наказав козакам грати в сурми, бити в литаври. Ворог повірив і послав за річку великий корпус. Козаки під командуванням Богуна напали на поляків, що засіли в найближчих окопах, вибили їх звідти і розгромили, 30 червня козакам стало відомо, що шляхетське командування збирається обійти обложений табір з тилу і, збудувавши греблі на річці Пляшовій, підняти в ній воду і затопити табір козаків. Іван Богун організував вихід козаків з лещат облоги. Цей єдиний шлях відходу лежав тільки через болото. За одну ніч загатили болото одягом, бочками, мішками, сідлами, возами і попонами. Так була зроблена переправа, по якій вийшла більша частина козаків. Але втрати козацького війська були великі. Майже третина війська не вийшла з оточення, козаки втратили обоз і артилерію.

Козаки, що не встигли вийти з оточення, хоробро бились, вважаючи за краще загинути, ніж здатись в полон. 300 козаків влаштували засіки на острові, що утворився з одного боку злиттям рік Стиру і Пляшевої, а з другого - грузьким болотом, і мужньо захищались, намагаючись прикрити відступ своїх і затримати ворога. Польська піхота пішла в атаку, але козаки відійшли і продовжували захищатися. Козакам пропонували помилування, якщо вони складуть зброю. З презирством вони відкинули умови ворога і загинули всі до одного в нерівному бою смертю героїв. Останній з них, вскочивши в човен, довго відбивався косою, доки не був заколотий списом.

І все ж завдяки холоднокровності, залізній волі і енергії Івана Богуна основна частина збройних українських сил була врятована.

В результаті енергійної діяльності Богдана Хмельницького і його найближчих соратників згодом було відновлено і колишній кількісний склад козацького війська, що знову поповнилося за рахунок широких мас повсталого українського народу. Богун привів до Богдана Хмельницького десятитисячний корпус козаків, створений ним з населення Побужжя, піднятого Богуном на боротьбу з польською шляхтою.

Незабаром, у 1652 р., козацьке військо здобуло нову перемогу під Батогом.

Батозька битва була зразком мужності і воєнного мистецтва повсталих народних мас, а також вершиною воєнного таланту і полководської майстерності Богдана Хмельницького. Перемогу на Батозькому полі сучасники порівнювали з перемогою карфагенського полководця Ганнібала над римлянами під Каннами (216 р. до н.е.). У цю перемогу вклав чималу частку й Іван Богун.

А в березні 1653 р. польський король Ян Казимир знову кинув на Україну відбірні війська. Командування ними він доручив Стефану Чернецькому, відомому своєю нелюдською жорстокістю.

Війська Чернецького вдерлися в Брацлавщину. Скрізь, де проходив ворог, він залишав за собою пустелю, повну руїн і згарищ. Однак винахідливий і кмітливий Богун, маючи значно менші сили, ніж Чернецький, зумів заманити його під Монастири-ще (на Поділлі, тепер - районний центр Вінницької області), де 21 березня відбувся вирішальний бій. Польське військо розгорнутим фронтом пішло на козацькі укріплення. Богун розпочав контрнаступ. Одночасно він непомітно вивів з фортеці найкращі частини своєї кінноти і вдарив у тил ворога. Не витримавши подвійного удару, шляхетське військо кинулося врозтіч. Сам Чернецький був тяжко поранений.Після боїв під Монастирищем на протязі всього року Іван Богун із своїм Вінницьким полком бере участь в усіх найважливіших подіях і боях. У травні він був у складі частин Тимоша Хмельницького в Молдавії, очолюючи дванадцятитисячний загін, а в листопаді 1653 р. полк Богуна у складі військ, очолюваних Богданом Хмельницьким, бере в оточення під Жванцем наймані війська Речі Посполитої. Але знову від повного розгрому польську армію врятувало зрадництво кримського хана, який пішов на сепаратну угоду з польським королем Яном Казимиром. Іван Богун уславився також безмежною мужністю, високим військо-вим мистецтвом і в боях з татарами, які після Жванецької битви дістали від польського короля дозвіл, повертаючись до Криму, забирати в полон українських людей.

Літописець Величко описує, як Богун на чолі десятитисячного козацького війська розгромив ханську орду, яка розсипалася чамбулами (загонами) по Україні для захоплення ясиру. Величко повідомляє, що з чамбула, який складався з чотирьох з половиною тисяч чоловік, до коша "приволоклося" ледве 500 татар. Втрати татар обчислювалися у вісім тисяч чоловік. Понад дві тисячі татар було взято в полон. Богун став справжньою грозою для татар.

Польсько-шляхетський уряд не раз робив спробу перетягти на свій бік легендарного героя українського народу, пропонуючи йому всі блага феодального суспільства, але Богун залишився вірним сином українського народу і відкинув усі пропозиції польської шляхти.

Тоді польсько-шляхетське командування пробує фізично знищити Богуна. Робиться спеціальний напад на Брацлавщину з метою розгрому Вінницького полку і захоплення Богуна. Але полковник бувнасторожі.Вороги не змогли досягти своїх цілей. Під час підготовки і проведення Переяславської ради Іван Богун очолював козацькі загони, що охороняли кордони України.

Після смерті Богдана Хмельницького розпочалася боротьба за гетьманство. Гетьманську булаву захопив прихильник шляхетської Польщі Іван Виговський. Іван Богун разом із славетним Іваном Сірком очолили народне повстання проти гетьмана, який відновив на Україні гніт польської шляхти. Зазнавши поразки, Виговський почав переговори про прийняття України в підданство Туреччини і закликав на допомогу кримських татар, але Іван Богун та Іван Сірко розбили татар ї рушили на гетьманську столицю Чигирин; Виговський втік у Польщу.